如果不是病毒的原因，这个问题应该是硬盘的磁盘扇区出现软故障，比如强制关机，突然断电都会引起。故障现象就象楼主所说，电脑反应很慢，开机都要好几分钟，硬盘灯狂闪或长亮；运行的每个软件进程都占CPU很高。最新病毒库的杀软查出无毒。
使用 chkdsk X:  /f （x 表示要输入的盘符）就可以解决了。。。CHKDSK的命令使用可以在CMD模式下加/？查看

此外强制结束进程可以用如下方法：
运行里输入nstd -c q -p 进程PID
或者运行里输入TASKLIST查看正在运行的进程然后再用TSKILL +进程名